1) 아파트 A를 장기일반민간임대주택 — 의무임대기간 8년 — 으로 임대사업자 등록하고 또 세무서에도 사업자등록을 하여 임대
2) 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 의무임대기간 종료로 임대사업자 등록이 자동말소

자동말소 이후에도 계속하여 임대하다 의무임대기간 8년을 포함하여 모두 10년 이상 임대 후 양도하는 경우 「조세특례제한법」 제97조의3에 따라 적용되는 장기보유특별공제율은?

「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률로 개정되기 전의 것) 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 등록이 말소되는 경우 해당 주택은 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 보아 「조세특례제한법」 제97조의3제1항 본문에 따른 과세특례를 적용하며, 같은 항 단서는 적용하지 않는 것입니다. - 법령해석과-1654(2021.5.11)


새로 공개된 국세청의 유권해석에 따르면 위 질의사례처럼 임대사업자 등록이 자동말소된 이후 임대를 계속하여 임대기간이 10년 이상이라고 하더라도 의무임대기간 8년 동안 등록 및 임대한 것으로 보아 「조세특례제한법」 제97조의3제1항 본문에 따른 50%의 장기보유특별공제율을 적용하며 「조세특례제한법」 제97조의3제1항 단서의 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대하는 경우 적용되는 70%의 장기보유특별공제율은 적용되지 않습니다.